Boa parte da primeira metade da história se desenvolve em uma escola no Japão, a qual é a melhor da cidade. Entre os lugares visitados fora da escola estão a padaria dos pais da Nagisa, e os dormitórios onde vive Youhei Sunohara. Ao longo da história, flashs de um mundo ilusório são mostrados. Este mundo se mostra desprovido de vida, exceto por uma jovem, a qual o jogador pode interagir com ela. A metade restante da história também se passa na mesma cidade, após a conclusão do primeiro semestre. Há temas recorrentes que aparecem ao longo da história, porém o principal é o valor de ter uma família, como o próprio título da série se autoexplica, uma vez que o principal escritor dela, Jun Maeda, entende que Clannad significa "família" ou "clã" em irlandês. Entretanto o nome é uma mistura de Clann com Dobhar, criado pela banda Clannad, que significa "a família de Dore". Dos seis personagens principais, Tomoya, Nagisa e Kotomi não têm irmãos, apesar do fato de seus parentes terem grande importância em suas histórias. A história de Nagisa foi escrita para incorporar o que Maeda descreve como uma "família perfeita", com foco na consciência mental. Na história de Nagisa, regularmente são feitas citações sobre a "Grande Família Dango" (だ ん ご 大 家族 Dango Daikazoku?), o mascote de um grupo infantil fictício que Nagisa gosta. Os personagens Tomoya e Nagisa foram escritos em um estilo que exemplifica o crescimento "para a vida adulta" até o final da história. As histórias de Fuko e Kyou têm suas irmãs fazendo parte integral e a história de Tomoyo é influenciada por sua família inteira. A influência irlandesa continua na abertura do jogo,"Mag Mell", que significa aproximadamente "planície da alegria", e está relacionada com a mitologia irlandesa.Um CD de músicas curtas intitulado Mabinogi contem versões remixadas de músicas do jogo, o qual foi distribuído no lançamento do jogo original. Era de histórias em prosa a partir de manuscritos medievais galeses,o galês é uma língua celta,como o irlandês.