Okajima Rokuro é um típico homem de negócios japonês, que vive em sua rotina diária até que, ele é enviado por sua empresa ao suldeste Asiático com um disco contendo informações ultra-secretas, chegando lá ele é sequestrado por piratas dentro de um Navio chamado Black Lagoon, ele pensou que a empresa pagaria a recompensa, mas, a empresa resolve mandar mercenários para recuperar o disco e "calar a boca" de Rokuro. Ele dificilmente consegue escapar com vida, mas agora não tem para onde ir. Ele resolve esquecer seu nome e seu passado e viver como um membro da Black Lagoon.